Issue d’une convention entre l' Université Pierre Mendès-France et le CNRS. La MSH-Alpes est depuis le 1er janvier 2011 une unité de service et de recherche du CNRS (USR 3394).
| UMR 5194 PACTE | UMR 5190 LARHRA | UMR 5611 LIRE | UMR 5252 LEPII |
| UMR 5105 LPNC | UMR 5820 CERAG | UMS 2748 EUROFIDAI | UMR 5216 GIPSA-LAB |
| UMR 5204 EDYTEM | UMR INRA 1215 GAEL | EA 599 CRHIPA | EA 3699 PLC |
| EA 1967 EMC2 | EA 1963 CERDHAP | EA 4145 LIP/P2CS | EA 602 LSE |
| EA 611 GERCI | EA 613 ILCEA | EA 3748 Traverses 19-21 | EA 610 CRI |
| EA 608 GRESEC | EA 609 LIDILEM | EA 3742 SENS |
Les autres laboratoires du site peuvent être partenaires ponctuels sur certaines opération pluridisciplinaires.
Pour plusieurs de ses opérations, la MSH-Alpes traville en étroit partenariat avec différents organismes et institutions locales :